K nejvýznamnějším církevním památkám ve Velkých Losinách patří pozdě renesanční farní kostel sv. Jana Křtitele, který nechal postavit na místě staršího dřevěného kostela Jan ze Žerotína. Stavba kostela začala na konci roku 1599 a byla dokončena v roce 1603. Pravděpodobným architektem tohoto kostela byl stavitel Antonio Thoma.
Konaly se v něm luteránské bohoslužby. Ovšem po roce 1620 byl kostel trochu pozměněn, aby se v něm mohli konat katolické bohoslužby. Postupně bylo obměňováno i původní vybavení. Bohužel ani z nového, velmi cenného barokního, rokokového a klasicistního mobiliáře se téměř nic nedochovalo. K cenným památkám patří krásná malba křížové cesty, kterou namaloval F. A. Sebastini v roce 1782. Kromě výzdoby vás jistě na první pohled zaujme nádherná valená klenba, která je dominantou celého kostela.
Kostel sv. Jana Křtitele je významnou stavbou, která je největší vesnickou kostelní architekturou na celé Moravě. Jedná se o stavbu kazatelského typu, takže s neodděleným kněžištěm. Je to jednolodní stavba s předsazenou čtyřhrannou věží na západě. Vedle tohoto kostela se nachází boční pohřební kaple sv. Kříže. U v chodu se nachází kříž z roku 1807.